Anaconda

Anaconda 的一些基础命令

基础命令

激活 conda (不一定有用，见安装问题)

1	source activate

激活环境（$cat$ 替换成要激活环境的名称）

1	conda activate cat

查看所有已经安装的环境

1	conda env list

查看帮助

conda -h

查看版本

1 2	conda --version python --version

查看解释器路径

1 2	which conda which python

创建环境

1	conda create -n cat python=3.9 -y

-y 或 --yes 表示不需要再次确认

删除环境

1	conda remove -n cat --all

更新：注意 conda 不能在激活环境中更新，python 要在激活环境中更新

1
2
3

conda update conda
conda update anaconda
conda update python

汇总

命令	功能
conda update conda	更新conda到最新版
conda update anaconda	更新anaconda到最新版
pip install --upgrade pip	更新pip到最新版
conda update --all 或 conda upgrade --all	更新所有库
pip install 库名或 conda install 库名	安装库
pip install 库名 --upgrade 或 conda update 库名	更新库
conda remove 库名	卸载当前环境中的库
conda remove --name 环境名库名	卸载指定环境中的库
conda --version	显示当前安装的conda版本号
conda list	列出已安装的库的信息，包括版本等
conda info --envs 或 conda info --envs 或 conda env list	显示已创建环境
activate 环境名	激活环境
deactivate 环境名	退出环境至root
conda remove --name 环境名 --all	删除环境
python -V	查看Python的版本
where python	查看Python安装位置

安装问题

安装完或者其他用户需要使用时初始化 conda 环境

1	/home/data/conda/bin/conda init bash

PS: 前面的是 conda 路径，可以在已激活环境中使用 which conda 查看

修改默认激活环境，在根目录下的 .bashrc 中添加

1	conda activate cat

conda 未定义

同样的在根目录下的 .bashrc 中添加

1	export PATH=/home/User_name/anaconda3/bin:$PATH

不过一般安装了 conda 后 .bashrc 中就会有这个自动初始化脚本了，无需再重复添加

# >>> conda initialize >>>
# !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!
__conda_setup="$('/data/User_name/anaconda3/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
if [ $? -eq 0 ]; then
    eval "$__conda_setup"
else
    if [ -f "/data/User_name/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
        . "/data/User_name/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh"
    else
        export PATH="/data/User_name/anaconda3/bin:$PATH"
    fi
fi
unset __conda_setup
# <<< conda initialize <<<

不想默认激活 conda

1	conda config --set auto_activate_base false

离线安装

一般下载打包好的文件或者从 github 上 clone 的包文件中有一个 setup.py 文件，有两个安装方法：

方法一：直接运行 setup.py 借助工具包安装

1 2	python setup.py build python setup.py install

方法二：借助 pip 快速安装，需要先将 cd 到包目录

1	pip install .

环境迁移

在旧服务器上依次运行（我的服务器上待迁移的环境名称为 $cat$, 自行替换）：

1
2
3

(base) User_name@LabServer:~$ conda activate cat
(cat) User_name@LabServer:~$ conda env export > cat.yaml
(cat) User_name@LabServer:~$ pip freeze > cat.txt

会在服务器当前目录下生成两个环境配置文件，将这两个文件复制到新的服务器上：

1 2	conda create -f cat.yaml pip install -r cat_pip.txt

注意：上述两个命令分别是按照配置文件重新下载按照拓展，所有要联网

pip 生成的配置文件中会个别是路径，直接安装会报错，手动打开 txt 文件把临时缓存路径全部删掉即可

错误1：

Warning: you have pip-installed dependencies in your environment file, but you do not list pip itself as one of your conda dependencies.  Conda may not use the correct pip to install your packages, and they may end up in the wrong place.  Please add an explicit pip dependency.  I'm adding one for you, but still nagging you.

解决方案：在 cat.yaml 中的 \- pip: 前添加 -pip，像这样

- zlib=1.2.11=h7f8727e_4
- zstd=1.4.9=haebb681_0
- pip
- pip:
    - alabaster==0.7.12

换源

创建 .condarc 文件

1	conda config --set show_channel_urls yes

将下述内容添加到 .condarc 中

channels:
  - defaults
show_channel_urls: true
default_channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
custom_channels:
  conda-forge: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  msys2: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  bioconda: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  menpo: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  pytorch: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  pytorch-lts: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  simpleitk: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud

运行 conda clean -i 清除索引缓存，保证用的是镜像站提供的索引。

参考资料

https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/